تطرح الجامعة ممثلة بقسم العلوم البحرية والثروة السمكية برنامجاً للدراسات العليا " ماجستير العلوم في علوم البحار والثروة السمكية"، إذ يأتي هذا البرنامج بكلية العلوم الزراعية والبحرية لإتاحة فرصة البحث في مجالات مختلفة في البيئة والأحياء البحرية والثروة السمكية، مما يعزز مهارات طلبة الماجستير في القطاعات البحثية والأكاديمية، كما يؤهلهم لشغل وظائف مختلفة في القطاعين العام والخاص، ويمكنهم من شق طريقهم نحو ريادة الأعمال لإحراز تقدم ملموس اقتصاديًا وبحثيًا مثل تطوير تقنيات جديدة للحفاظ على الموارد البحرية والسمكية واستغلالها بشكل مستدام.
إلى جانب ذلك يهتم هذا التخصص بالشق النظري والعلمي والأنشطة الميدانية ويوفر القسم مختبرات علمية مجهزة بأدوات علمية حديثة بالإضافة إلى سفينة أبحاث علمية ومحطة استزراع وبحوث بحرية.
ومما يعزز من تجربة طالب الدراسات العليا ويفتح آفاقًا للبحوث البيئية المشتركة وجود تعاونًا على المستوى المحلي والإقليمي والدولي مع جامعات ومؤسسات مختلفة، وتنوع اختصاصات الكادر الأكاديمي في مجالات علوم البيئة البحرية والتقنية الحيوية البحرية والاستزراع البحري وعلوم وادارة المصائد السمكية وعلوم المحيطات، وتقديم التسهيلات للعمل الميداني لجمع العينات والبيانات مع وجود طاقم فني متمكن يدعم القسم في البحوث.

بالإضافة إلى ذلك فهذا البرنامج يكون بنظام التفرغ الكامل لمدة عامين، أو بنظام التفرغ الجزئي لمدة ثلاث سنوات، كما تطرح المقررات باللغة الإنجليزية من قبل أعضاء التدريس من مختلف الدول.

يشترط على المتقدمين أن يكونوا حاصلين على شهادة بكالوريوس العلوم البحرية في جامعة السلطان قابوس أو تخصص مشابه من الجامعة نفسها أو من أي جامعة معتمدة أخرى بمعدل تراكمي لا يقل عن 2.75 من أصل 4، أو عامين من الخبرة للمتقدمين الحاصلين على معدل تراكمي بين 2.5 و2.74 في البكالوريوس، أما بالنسبة للمتقدمين من مجالات أخرى فقد يُطلب منهم دراسة بعض المواد المُعادلة قبل بدء البرنامج.

كذلك يشترط على المتقدمين تقديم طلب إعفاء أو إجازة دراسية من جهة العمل للدراسة بدوام كامل، أو خطاب عدم ممانعة للدراسة بدوام جزئي إلى عميد الدراسات العليا بجامعة السلطان قابوس، كما يجب على المتقدمين الباحثين عن العمل تقديم بيان من وزارة العمل لتأكيد الحالة.
نظرًا لاعتماد اللغة الإنجليزية في التدريس والأطروحة، يشترط على المتقدمين الحصول على درجة 6.0 فما فوق في اختبار الآيلتس، أو 79 فما فوق في برنامج التوفل الالكتروني الدولي ودرجة 5.5 في برنامج الآيلتس الأكاديمي، أو 69 في برنامج التوفل الدولي شريطة أن يسجلوا في مقرر    LANC6000 وذلك في الفصل الأول من بدء البرنامج.
ويغلق الباب للتقديم لهذا البرنامج بتاريخ 2 أبريل المقبل، وبعد ذلك سيتم إجراء مقابلات مع المتقدمين تحت إشراف لجنة القبول كجزء من المتطلبات. 
على الطالب إكمال متطلبات المقررات الدراسية الموضحة في الخطة الدراسية بمعدل تراكمي لا يقل عن 3.00. أما بالنسبة للأطروحة، فيتوقع من المرشح إجراء مراجعة الأدبيات اللازمة، وإجراء البحوث، وتحليل النتائج، وكتابة التقارير، وعرض النتائج شفهيا، كما يُتوقع منه تحديد محور البحث بالاستعانة بالمشرف ويكون ذلك في الفصل الثاني عادة.
يعمل الطالب على الأطروحة في الفصل الثالث بعد الانتهاء من 12 ساعة دراسية. 
تغطي شهادة الماجستير في العلوم البحرية والثروة السمكية عددًا من المواضيع المختلفة إذ تشمل التحديات البيئية، والاقتصادية، والتنموية، كما تشمل موضوع الاستزراع السمكي والذي يعد ضمن رؤية عُمان 2040.