بجانب (52) جهة في السلطنة اعتمدت الجامعة نظام إدارة الوثائق الخصوصية، وجداول مدد استبقاءها وتصنيفها.
وتم الانتهاء من العمل على إعداد الأدوات الإجرائية للنظام بعد المرور بعدة مراحل آخرها موافقة هيئة الوثائق والمحفوظات الوطنية النهائية على هذه الجداول ونظام تصنيفها، وذلك تنفيذا لمقتضيات قانون الوثائق والمحفوظات الوطنية الصادر بالمرسوم السلطاني رقم 60 /2007، وبالرجوع إلى المادة 18من قانون الوثائق والمحفوظات الوطنية فإن الجهة المعنية هي المسؤولة عن وثائقها إلى أن تنتهي حاجتها إليها، ويجب على كل جهة إعداد وتنفيذ نظام لوثائقها بالتنسيق مع الهيئة، إذ قامت الهيئة بالتنسيق مع الهياكل المختصة والتقسيمات الإدارية المعنية بالجامعة بإعداد قائمة اسمية لأنواع الوثائق والملفات الخصوصية بالجامعة، نتج عنها إنجاز الأدوات الإجرائية والمتمثلة في إعداد جداول مدد استبقاء تلك الوثائق وتصنيفها.واعتمد النظام كل من سعادة الدكتور علي البيماني، رئيس جامعة ، وسعادة الدكتور حمد الضوياني، رئيس هيئة الوثائق والمحفوظات الوطنية.
وتتضمن الأدوات الإجرائية لنظام إدارة الوثائق في إعداد جداول مدد استبقاء تلك الوثائق الخصوصية ونظام تصنيفها والتي تعد الركيزة الأساسية لبناء نظام عصري وحديث وفق أحدث المواصفات والمقاييس العالمية المعتمدة في هذا المجال الذي يقوم على تسجيل الوثائق وتصنيفها وترميزها وفق نظام التصنيف المعد لهذا الغرض، وذلك لتمييزها وتيسير الرجوع إليها، كما يمكن بناء هذا النظام وتطبيقه في معالجة الوثائق منذ نشأتها وعبر المراحل التي تمر بها، وهو ما سيساعد في تقنين جميع عمليات الإتلاف والتحويل والترحيل للوثائق من جهة واحترام مدد استبقائها من جهة أخرى.
وبدخول هذا النظام حيز التنفيذ تعمل دائرة الوثائق بالجامعة وبالتنسيق مع المختصين بالهيئة على تدريب المعنيين على طرق تطبيق مختلف أدوات نظام إدارة الوثائق، ويتمثل التصنيف في وضع طريقة للتعرف بسرعة وبدقة على الملفات ومكوناتها ضمن مجموعة كبيرة من العناصر وذلك بتجميع هذه العناصر في مجموعات فرعية حسب أوجه التشابه بينها أو وفقا لمعايير أخرى.